Базовый класс коллекции реализует интерфейс \Iterator, что позволяет перебирать элементы в цикле:

$books = \Bitrix\Main\Test\Typography\BookTable::getList()
	->fetchCollection();

foreach ($books as $book)
{
	// ...
}

Объекты коллекции можно получить не только в цикле, но и напрямую. Метод getAll вернет все содержащиеся объекты в виде массива:

$books = \Bitrix\Main\Test\Typography\BookTable::getList()
	->fetchCollection();

$bookObjects = $books->getAll();

echo $bookObjects[0]->getId();
// выведет значение ID первого объекта

Для получения конкретных объектов, содержащихся в коллекции, предусмотрен метод getByPrimary:

// 1. пример с простым первичным ключном
$books = \Bitrix\Main\Test\Typography\BookTable::getList()
		->fetchCollection();
	
$book = $books->getByPrimary(1);
// книга с ID=1

// 2. пример с составным первичным ключом
$booksToAuthor = \Bitrix\Main\Test\Typography\BookAuthorTable::getList()
	->fetchCollection();

$bookToAuthor = $booksToAuthor->getByPrimary(
	['BOOK_ID' => 2, 'AUTHOR_ID' => 18]
);
// будет присвоен объект отношения книги ID=2 с автором ID=18

Проверить наличие конкретного объекта в коллекции можно методом has:

$book1 = \Bitrix\Main\Test\Typography\Book::wakeUp(1);
$book2 = \Bitrix\Main\Test\Typography\Book::wakeUp(2);

$books = \Bitrix\Main\Test\Typography\BookTable::query()
	->addSelect('*')
	->whereIn('ID', [2, 3, 4])
	->fetchCollection();

var_dump($books->has($book1));
// выведет false

var_dump($books->has($book2));
// выведет true

Аналогично работает метод hasByPrimary, когда удобнее сделать проверку по первичному ключу:

$books = \Bitrix\Main\Test\Typography\BookTable::query()
	->addSelect('*')
	->whereIn('ID', [2, 3, 4])
	->fetchCollection();

var_dump($books->hasByPrimary(1));
// выведет false

var_dump($books->hasByPrimary(2));
// выведет true

Добавление объектов реализовано методом add и интерфейсом ArrayAccess, позволяющим использовать конструкцию []:

$book1 = \Bitrix\Main\Test\Typography\Book::wakeUp(1);

$books = \Bitrix\Main\Test\Typography\BookTable::query()
	->addSelect('*')
	->whereIn('ID', [2, 3, 4])
	->fetchCollection();

$books->add($book1);
// или
$books[] = $book1;

Удалить объект из коллекции можно, задав его явно или указав первичный ключ:

$book1 = \Bitrix\Main\Test\Typography\Book::wakeUp(1);

$books = \Bitrix\Main\Test\Typography\BookTable::getList()
	->fetchCollection();

$books->remove($book1);
// из коллекции удалится книга с ID=1

$books->removeByPrimary(2);
// из коллекции удалится книга с ID=2