Работать напрямую с $_SESSION - допустимо, но не желательно. Все изменения данных в глобальной переменной будут сохранены, но настоятельно советуем использовать новое API вместо этой переменной.

Вместо прямого использования переменной лучше использовать объект, возвращаемый методом \Bitrix\Main\Application::getSession():

$session = \Bitrix\Main\Application::getInstance()->getSession();
if (!$session->has('foo'))
{
	$session->set('foo', 'bar');            
}

echo $session['foo']; //bar

Данный объект реализует интерфейс \ArrayAccess, а также \Bitrix\Main\Session\SessionInterface.