Все параметры getList, getRow и другие передаются вместе, при этом сразу же выполняется запрос и возвращается результат: все происходит за один вызов. Но существует и альтернативный способ конфигурации запроса и контроля за его выполнением - это объект Entity\Query:

// получение данных через getList
$result = BookTable::getList(array(
	'select' => array('ISBN', 'TITLE', 'PUBLISH_DATE')
	'filter' => array('=ID' => 1)
));

// аналогично через Entity\Query
$q = new Entity\Query(BookTable::getEntity());
$q->setSelect(array('ISBN', 'TITLE', 'PUBLISH_DATE'));
$q->setFilter(array('=ID' => 1));
$result = $q->exec();

Такой подход может быть удобным, когда необходима гибкость в построении запроса. Например, если параметры запроса заранее неизвестны и формируются программно, можно вместо множества разных аргументов использовать один объект Query, накапливая в нем параметры запроса:

$query = new Entity\Query(BookTable::getEntity());
attachSelect($query);
attachOthers($query);
$result = $query->exec();

function attachSelect(Entity\Query $query)
{
	$query->addSelect('ID');
	
	if (...)
	{
		$query->addSelect('ISBN');
	}
}

function attachOthers(Entity\Query $query)
{
	if (...)
	{
		$query->setFilter(...);
	}
	
	if (...)
	{
		$query->setOrder(...);
	}
}

Также объект Entity\Query позволяет построить запрос, но не выполнять его. Это бывает полезным для выполнения подзапросов или же просто для получения текста запроса и последующего его использования:

$q = new Entity\Query(BookTable::getEntity());
$q->setSelect(array('ID'));
$q->setFilter(array('=PUBLISH_DATE' => new Type\Date('2014-12-13', 'Y-m-d')));
$sql = $q->getQuery();

file_put_contents('/tmp/today_books.sql', $sql);

// таким образом, запрос "SELECT ID FROM my_book WHERE PUBLISH_DATE='2014-12-31'" будет сохранен в файл, но не будет выполнен.

Полный список методов Entity\Query для реализации описанных выше возможностей:

select, group:

• setSelect, setGroup - устанавливает массив с именами полей
• addSelect, addGroup - добавляет имя поля
• getSelect, getGroup - возвращает массив с именами полей

filter:

• setFilter - устанавливает одно- или многомерный массив с описанием фильтра
• addFilter - добавляет один параметр фильтра со значением
• getFilter - возвращает текущее описание фильтра

order:

• setOrder - устанавливает массив с именами полей и порядком сортировки
• addOrder - добавляет одно поле с порядком сортировки
• getOrder - возвращает текущее описание сортировки

limit/offset:

• setLimit, setOffset - устанавливает значение
• getLimit, getOffset - возвращает текущее значение

runtime fields:

• registerRuntimeField - регистрирует новое временное поле для исходной сущности

Объект Query является основополагающим элементом при выборке данных, он же используется внутри стандартного getList. Именно поэтому эффективность переопределения методов getList сводится на нет: если при вызове соответствующего метода хак сработает, то при аналогичном запросе напрямую через Query уже нет.