Офлайн-ресурсы в приложении загружаются в контексте сервера, а не в контексте файловой структуры.

Например, если вы попытаетесь загрузить условную офлайн-страницу detail.html:

<script>
BXMobileApp.PageManager.loadPageBlank({
url: "bxlocal://detail.html",
data:{key:"value"},
title: "Детальная страница"
});
</script>

http://mysite.com/__bxoffline__/detail.html

Т.е. как-будто страница была загружена с удаленного сервера. Это дает возможность использовать сущности, привязанные к домену вашего сайта - cookies, хранилище в формате ключ-значение localstorage и локальные базы данных indexedDB и SQLite.