Задача довольно распространенная, однако, почему-то, вызывает трудности у большинства клиентов. Сама логика формирования YML файла заложена в ядре продукта - в /bitrix/modules/catalog/load/yandex_run.php. Однако, данный файл подключается не на прямую, а через обертку - /bitrix/php_interface/include/catalog_export/yandex_run.php, что оставляет нам шанс изменить логику формирования без правки ядра продукта.
для этого неплохо бы использовать поле количество товара из торгового каталога, иначе все товары будут под заказ.