Есть такая вещь как многоскладовость, создайте один конфиг файл, с массивом параметров для городов, в котором будет прописаны ID складов, а так же префиксов для title по каждому городу, при переключении города - тяните нужный конфиг. Такое делалось, и это работает. Будет один инфоблок, с одной структурой, но для нескольких городов, это очень удобно в содержании каталога.