Модули системы (как штатные, так и загруженные из Marketplace) располагаются в системной папке bitrix/modules. В папке /local/modules могут располагаться пользовательские модули Партнерские модули отличаются от стандартных модулей следующим...
Подробнее... . Такое разделение позволит сторонним разработчикам просто организовать контроль версий своих разработок с сохранением обновляемости продукта стандартной системой обновлений.

Структура файлов и папок модулей на D7 осталась такой же, как и в старой версии ядра.

API (классы, логика) модуля располагается в подпапке /lib Данная папка не является обязательной, если у вашего класса нет собственных методов. папки модуля. Например, для Главного модуля путь будет таким: bitrix/modules/main/lib. Из этой же папки API будет автоматически подключаться при соблюдении некоторых правил:

• Файлы классов должны именоваться в нижнем регистре, при этом название класса равно название файла. Пример: /lib/myclass.php.
• Файлы должны содержать правильный namespace. Пример: если модуль подключается как:
  Loader::includeModule('company.shotname');
  то в классе должен быть прописан namespace: namespace Company\Shotname.
• Там где классы модуля используются в административной части - модуль должен быть подключен.