Ну так это вы настраиваете шаблоны под конкретный сайт с конкретным ID. Мультисайтовость - все равно одно ядро - одна папка битрикс, в которой шаблоны. В одном сайте один набор шаблонов с условиями -в другом другой, разве не? Или я чего то не понимаю, или каких то условия не знаю.