Столкнулся с такой проблемой. Добавляю один и тот же товар в корзину с разными свойствами, соответственно это две разные позиции https://skr.sh/sIjXhhRUq1x
После создания заказа, в процессе обмена с 1С, происходит изменение кастомной стоимости или количества одного из таких товаров. Связано это с тем, что у обоих товаров одинаковый PRODUCT_XML_ID и соответственно один из товаров перетирает данные другого при обновлении состава заказа. То есть в битриксе это две разные записи в БД с разными ID, но так как 1С работает с XML_ID, возникает проблема.