disk.storage.uploadfile

Обратите особое внимание - метод грузит именно в корень. Вроде бы логична возможность тут в параметры добавить и айди папки, чтобы грузило сразу туда, но нет - здесь исключительно в корень.
Для загрузки в папку, используйте соответствующие методы по работе с папками.