Как можно вывести в мета тегах минимальную цену по разделу?

Используйте для проверки командную строку PHP (в админке Битрикса). Пишите код там.
Затем зайдите в какой-либо раздел, уберите все фильтры, отсортируйте по цене, найдите товар с наименьшей ценой. Затем повторите указанные действия в коде PHP: тот же инфоблок, тот же раздел, та же цена. Сортировка по той же цене ASC.
Если результаты не сходятся, значит дело в каких-то нюансах. И тут не нужно искать каких-то других способов решения, их просто нет. Нужно просто понять в чем причина. Вероятнее всего, проблема в дополнительных параметрах фильтра при показе товаров в админке.
Еще раз повторю - дело в небольших нюансах. Если дадите мне доступ - я посмотрю в чем именно.