При этом поля и там и там присутствуют не полностью. В чём здесь логика? Почему некоторые поля видны в "Пользовательские поля" и не видны через настройки инфоблока и наоборот?
А для чего сделано это "дублирование"? Несколько запутывает возможность добавления свойств разными способами. Проще же сделать добавление только одним способом.