Задача какая: после полной выгрузки всего каталога нужно, чтобы:
1) Товар, который в наличии - был доступен на сайте (подтягиваются склады, с этим проблем нет) 2) Товар, который перестал был в наличии (склады показывают нули), но был в выгружаемом каталоге 1с (не перенесли в не синхронизируемый каталог) - был так же доступен на сайте ( и не деактивировался) 3) Товар, больше не требуется синхронизировать, был перенесет в не синхронизируемый каталог - был деактивирован на сайте.
Имеем: если стоит галочка "Деактивирова товары и ... если полная выгрузка" - по завершению выгрузки все хорошо, но все деактивировано. Полезное и не полезное. если галочку убираем - по завершению выгрузки - имеем не деактивированный товар, который должен быть по правилу задачи 3 - деактивирован. Хотя если посмотреть настойки CMS - "товар/группу отсутствующей в выгрузке = деактивировать".