Можно ли изменять файлы в папке bitrix/js/название модуля

а зачем тогда в компонентах лежит папка js  и в ней точно такие же файлы как и в bitrix/js/iblock
но при этом работают те что в bitrix/js/iblock , а те что  в компоненте - не работают.

Приведите пример совпадающих файлов, пожалуйста. В папках шаблонов компонент лежат скрипты, реализующие работу шаблонов. В папках /bitrix/js/модуль/ лежат скрипты, используемые модулями.