Для решения данной задачи лучше всего использовать совсем другую архитектуру каталога -- заводить под каждую новую Товарную категорию отдельный инфоблок, а к нему отдельный профиль обмена с 1С. При такой реализации ничего не нужно дописывать -- все фильтры по уникальным наборам характеристик отлично работают на стандартных компонентах 1С-Битрикс. Более подробно данную архитектуру я описывал в .
/