В общем, в поисках единомышленников, опишу чего добился я, может кому-то еще это будет интересно. В коробке я нашел три места отвечающих за приложение:
1.папка /home/bitrix/www/mobile - тут находятся index файлы, которые запускаются из различных кнопок приложения, в том числе и из пунктов вкладок первого и последующего уровней. Фактически все нажатия в приложении запускают отработку какого-то файла из этой папки с переданными параметрами, например, get запросом.
2. папка /home/bitrix/www/bitrix/mobileapp здесь похоже компоненты мобильного приложения, но есть еще где лежат компоненты мобильного приложения, это стандартное место /home/bitrix/www/bitrix/components/bitrix, здесь есть компоненты начинающиеся с mobile.название_компонента. Эти компоненты как раз вызываются из index файлов папки mobile и главное, их можно спокойно переопределять через папку local. И вот первая моя проблема, это я не знаю как переопределять компоненты папки bitrix/mobileapp , т.к. у меня не получилось, а т.к. это папка bitrix, то при обновлениии могут эту папку обновить и все модификации пропадут. В принципе, я могу себе позволить не обновлять Битрикс и не сильно париться и на всякий случай держать копию.
3.папка /home/bitrix/www/bitrix/templates/mobile_app - это собственно шаблон мобильного приложения, но то ли я не смыслю в шаблонах битрикса то ли одно из двух, но что-то меняя тут у меня ничего не менялось, и это опять же, думается, что это папка которую могут обновить.
Еще одно место это само мобильное приложение Битрикс24, здесь я пока предполагаю, т.к. не очень сильно искал где поменять кнопки нижнего меню приложения. Но, когда-то, я некоторое время программировал под iphone и по моему, нижнее меню приложения это стандратный контроллер айфона или по крайней мере очень похож на него. Если это так, то значит кнопки описаны в коде самого приложения. Да, состав кнопок можно поменять, например удалив модуль внешние линии, пропадает кнопка Внешних линий, но думается что эта логика заложена в самом приложении, т. е. приложение строит меню на основе настроек приложения и доступных модулей портала. Возможно я ошибаюсь, но мне видится так. Т.е. это значит что нижнее меню приложения похоже не поменять, только за счет настроек приложения, но в принципе я привык к режиму Задачи, на экране кнопки Задач, Уведомлений и чатов, и кнопка ЕЩЕ. Но вот внутренности кнопки ЕЩЕ меня убивали, что бы добраться до клиента, нужно фиг знает куда листать. Я изменил состав вкладки ЕЩЕ. Настройки переместил вниз, CRM поднял наверх, поубирал из CRM лишние кнопки, переименовал необходимые. Из избранного тоже убрал Новости - мы не пользуемся живой лентой. И стало очень даже удобно, вот только менять это пришлось в /home/bitrix/www/bitrix/mobileapp/mobile/components/bitrix/more , вот как бы это все перенести в local.
Еще осталось модифицировать список отображения сущностей CRM(что на карточках отображать), карточки самих сущностей и создание документов на их основе. Но тут вроде особых сложностей нет, разве что желание в сущностях таймлайн где-то иметь, но тут похоже придется писать свой компонент мобильного таймлайна на основе стандартного