Получить физический путь к файлу с расширением

Юзайте:
GetFileArray
или
GetByID

мало данных по вашему кейсу.
но как я понял, вам нужна ссылка на файл с расширением PDF, для дальнейшей его обработки в сторонней библиотеке.
Дело в то ,что если вы загляните в паки где располагаются физически файл, то они хранятся там без расширений.
Для доступа к ним разные модули имеют в Б24 свои методы.
===================
В вашем случае (если дело только в расширении) я вижу такое решение:
1. получаете к нужному файлу путь через CFile::GetPath() ;
2. сохраняете его во временную папку: /upload/temp/, при этом добавляете нужно расширение;
3. скармливаете его pdfMerger;