Где посмотреть логи по сихронизации портала с Active Directory?

Видимо нет, а что конкретно не работает? Если что-то, по каким то причинам не импортируется, система это пишет в конце импорта, например не импортировался Иванов И, причина: номер телефона указан другому сотруднику.
Если импорт не идёт вообще и просто висит, то через отладку в браузере смотрите, скорее всего частая проблема не хватает памяти для обработки запроса

Thread stack overrun:  10832 bytes used of a 131072
byte stack, and 128000 bytes needed.  Use 'mysqld --thread_stack=#'
to specify a bigger stack.]

Лечется:
в файле \etc\my.cnf  
thread_stack = 128K меняем её на thread_stack = 256K

Как вариант, но причины могут быть и не в этом, смотрите отладку.