В этом и заключается фундаментальная разница.
Файловое хранилище позволяет, например, подключить существующий архив документации, просто настроив компонент и указав папку с архивом в качестве места размещения данных. Получаете готовый Web-интерфейс к архиву.
А библиотека документов на инфоблоках обладает очень широким функционалом, например, комментирование документов, разграничение доступа для отдельных отделов, рабочих групп и даже отдельных пользователей к папкам и даже отдельным документам, история версий при изменении документов (можно просмотреть, откатиться на любую из предидущих версий), возможность использовать гибкий и очень мощный функционал бизнес-процессов...
И многое другое =). Разумеется, с дополнительным функционалом библиотека менее производительна.