При запуске импорта XML/YML товары перемещаются в прежний раздел

Нужно больше данных.
А именно:

1. что это за модуль импорта,
   
2. как выглядят разделы в админке (Где новый а где старый разделы с их кодами),
   
3. как выглядит сам файл импорта(буквально с 2-3 примерами, не больше),
   
4. как настроен сам импорт.
   

Ну. чисто навскидку:
Может, Вы указываете старый код или ID раздела при импорте? А если просто убрать ссылку/код после вашего переноса товаров?
На паре штук товаров проверьте этот вариант:)