В интернет-магазине на Битриксе имеется специальный функционал для работы с торговыми предложениями. Это как раз ваш случай: товар как бы один и тот же, но разных цветов, размеров и пр. Поищите на сайте Битрикса по ключевым словам "торговые предложения" или "SKU".
Хм, если честно я так и не нашел где написано как сделать =\ нужно выпадающие меню как здесь http://loyaopt.ru/product/bjustgaler/ тобишь нажал выбрал размер.
В общих чертах: переписать шаблон компонента, чтобы он выводил торговые предложения не просто списком, как в стандартном решении магазина Битрикс, а в форму, в виде соответствующих options. После выбора пользователем в форме нужной option торговое предложение конкретизируется, и именно оно отправляется в корзину при нажатии кнопки "купить".