кажется мне тут все логичным, даже гуманным - товар просится положить его неизвестно куда, а Битрикс из жалости не отправляет его туда куда он просится, а предусмотрительно уложит в корень, что бы потом можно было разобраться что с ним делать
.
Если делаете это импортом CSV, то там группы не создаются. В компоненте интернет магазин не знаю какой функционал есть для импорта из 1С, поэтому может кто другой подскажет.
В случае если стандартными средствами импорта (интернет магазин)новые секции не создаются попробовать можно 2 способа:
1. написать самостоятельно загрузку с проверкой существования секции и ее создания (повесить на крон или может вручную запускать через ссылку прямо из 1С)
2. если редко появляется необходимость в новых секциях, то не мучить себя и по необходимости заблаговременно вручную создать нужную секцию.