Видел сайт, где так и сделали)
А так, могу предложить такой способ:
в htaccess прописать
php_value auto_prepend_file "/redirect.php"
этот скрипт будет срабатывать при загрузке любой страницы. Надеюсь, у вас как-то можно распарсить ваш список ссылок для редиректов, перевести в пхп-шный массив, где ключом будет страница с какой переходить, а значением - куда. Ну и дальше смотрим текущую страницу, например в$_SERVER['REQUEST_URI'], ищем в массиве элемент с таким ключем и перенаправляем через header().
Конечно, не очень красиво выглядит, но работать должно