OnBeforeIBlockElementAdd при импорте из 1с: отменить добавление не прерывая импорта.

AddEventHandler("iblock", "OnBeforeIBlockElementAdd", 'ProtectDublicate');
function ProtectDublicate(&$arFields)
   {
      $PARENT_IBLOCK_ID=5; // Блок в который добавляем товары
      $articul=$arFields["PROPERTY_VALUES"]["31"]["n0"]["VALUE"]; // В это свойство передаётся артикул
      $arFilter=array("IBLOCK_ID"=>$PARENT_IBLOCK_ID,"=PROPERTY_CML2_ARTICLE"=>$articul); // Ищем товар с этим артикулом в инфоблоке
      $arSelect = array("ID");
      $rsParent = CIBlockElement::GetList(false, $arFilter, $arSelect); // Пиу!
      if($rsParent->SelectedRowsCount()>0) 
         {
            $arFields["IBLOCK_ID"]="0"; // Если такой артикул нашёлся, то добавляем его в никуда, нету инфоблока с ID=0
            return;
         }
   }

$articul=$arFields["PROPERTY_VALUES"]["31"]["n0"]["VALUE"]