перенос сайта с поддомена

А в чем, собственно, проблема? Берете и переносите... В настройках главного модуля и сайта (в списке сайтов) меняете пути на верные, домены и все. Загвоздок не должно возникнуть.
Вариант раз:
копируете все из папки поддомена в корневую.
Вариант два:
если используете панельку ISPManager (в CPanel не пробовал - не пользуюсь ей) в списке доменов создайте домен (либо отредактируйте существующий), а папку домена определите как в поддомене. Ничего переносить не надо будет.
Пример:

Корень: /
Поддомен: /xxx/
Домен: www.yyy.ru

В настройках домена укажите:
Имя: www.yyy.ru
Папка: /xxx/