hommedeplage, Тут дело в том, что вы переопределяете массив фильтра целиком. В условиях когда фильтр не используется, это нормально, но если он используется то нужно не создавать массив, а дописывать в него
В презентации Битрикса 12.0 говорили про появление складов. Так что осталось подождать пару недель и возможно допилы станут не нужны. (или станут не столь глобальными)
До меня доходили слухи, что сущность склад отсутствует в спецификации CML2, следовательно для его использования нужен допил сайта для выгрузки и 1С для приема и обработки этого свойства.