В простом случае, Ваша проблема решается так:
1. Вы устанавливаете БУС в папку, которой соответствует поддомен.
2. Вы настраиваете БУС и производите необходимые действия по интеграции.
3. После завершения работ с БУС, заводите поддомен типа old.сайт.ru и переносите туда всё содержимое папок старого сайта.
4. В корневой каталог сайта копируете всю систему каталогов нового сайта, работающего под БУС.
5. После окончательной проверки содержимое БУС на поддомене можно (и нужно) убрать.
Однако, гораздо проще создать сайт на отдельно стоящей машине, протестировать его и перенести его на Ваш веб-сервер (вместе с базой данных, разумеется).
1. Вы устанавливаете БУС в папку, которой соответствует поддомен.
2. Вы настраиваете БУС и производите необходимые действия по интеграции.
3. После завершения работ с БУС, заводите поддомен типа old.сайт.ru и переносите туда всё содержимое папок старого сайта.
4. В корневой каталог сайта копируете всю систему каталогов нового сайта, работающего под БУС.
5. После окончательной проверки содержимое БУС на поддомене можно (и нужно) убрать.
Однако, гораздо проще создать сайт на отдельно стоящей машине, протестировать его и перенести его на Ваш веб-сервер (вместе с базой данных, разумеется).