Денис Касперович написал: Nik An ,может потому что у вас настроена выгрузка только новых заказов? Соответственно один раз новый заказ выгрузился и он перестает быть новым.
А не подскажите в каком разделе находится данная настройка? Перелопатил весь сайт, ничего подобного не нашел.
Вам мешает, что в фильтре, который выбирает заказы в этом файле /bitrix/modules/sale/general/export.php есть DATE_UPDATE