Если у вас активны обновления продукта, то на странице обновлений можно будет скачать удаленные модули. Иначе никак.
А в случае, если "Кодировка используемой вами базы данных MySql 'utf8', системе обновлений необходима кодировка 'cp1251'" что делать? Такая же проблема - удалено несколько модулей... Поподробнее можете рассказать, как их восстановить? Для чайников