На сервере один сайт и тоже столкнулся с невозможностью обновления php и мускула, подменю - Upgrade php and mysql versions - появилось только в меню Manage Hosts in the pool я бы предположил логичнее оно было бы тут - Manage localhost (но это не суть) - при попытке обновления пишет вот такое:
perl: warning: Setting locale failed.
perl: warning: Please check that your locale settings:
LANGUAGE = (unset),
LC_ALL = (unset),
LC_CTYPE = "UTF-8",
LANG = "en_US.UTF-8"
are supported and installed on your system.
perl: warning: Falling back to the standard locale ("C"

.
Start job:
JobID : upgrade_mysql_php_2102032614
PID : 4330
Status : running
It will update mysql and php in the pool.
И на этом все.. обновление не свершилось - сканер безопасности все равно ругается на устаревшую версию..
А кто-то вообще обновился положительно?