А можно еще наверно в шаблоне самом проверять и подгружать разные хедеры и т.п. например так:
<? if($APPLICATION->GetCurPage(true) == '/index.php'): ?>
// Все страницы,я то с index: site.ru/index.php ; site.ru ; site.ru/index.php?clear_cache=Y ....
<? else: ?>
// Все остальные
<? endif; ?>
<? if($APPLICATION->GetCurPage(true) == '/index.php'): ?>
// Все страницы,я то с index: site.ru/index.php ; site.ru ; site.ru/index.php?clear_cache=Y ....
<? else: ?>
// Все остальные
<? endif; ?>