Переделайте поля Списки не на Список, а Привязка к элементам Инфоблока/Списка. Это будет ваш третий Инфоблок в модуле Списков, назовите Справочник типов: элементы в нём ООО, ЗАО, ОАО и тд.. И привязывайтесь к элементам этого Списка, тогда миграция будет корректно прокидываться, поскольку ID будут одинаковые.