О да, как показательно, за весь год ни одного ответа. Отличная работа поддержки. У меня та же проблема после переезда на коробочную версию. С облаком все работало, после переезда стало выкидывать эту ошибку. Наивно было надеяться нагуглить что-то.
Вот уже сколько лет прошло, а проблема с почтой до сих пор возникает из года в год, даже через крон все настроено и все равно письма не уходят, только через mail...ведь насущная проблема, как не стыдно разработчикам то вообще.
Сам провозился с аналогичной проблемой, расковырял половину скриптов, в итоге выяснил, что файлы загружаются компонентом bitrix:main.file.input а у него соответственно есть параметр $arParams['MAX_FILE_SIZE'] Как вариант, можно отслеживать от какого компонента пришел запрос на загрузку и сверяться с размером. Как именно это делать не подскажу.