Сделал что указано в сообщениях pvg и Юрия: ссылки на подразделы из верхнего меню, а так же на товары из хитов продаж и новинок стали с правильной вложенностью, но работать не начали - по переходу либо пустая страница, либо "Элемент не найден".
Если зайти в родительский раздел, например Часы - то ссылки на товары в нем как и раньше имеют неправильную вложенность, но зато работают. С этой же страницы ссылка на подраздел "Home Idea" тоже старая, без указания родительской папки "clock".
Александр Попов, в журнале обновлений инфоблоки идут под названием iblock? Это обновлено до 12.5.3. До бета версий обновлено все что можно на текущий час.
Из верхнего меню ссылка на подраздел по структуре верная, но не работает. Если зайти в раздел, то под хлебными крошками доп ссылка на подраздел будет уже не правильная, без родительского раздела, но она работает.
Так как в итоге включить нормальную вложенность url, что бы она соответствовала каталогу? Родительские рубрики по-прежнему игнорируются. Если сделать как написал Юрий - ссылки в основном меню меняются, но такие страницы не отображают каталог.