Проблема решена. Она не в формате файлов импорта.
Проблема с ошибками импортрования была связана с тем, что у разделов, в которые не происходил импорт, на сайте не был указан внешний код (ID недостаточно), импорт в разделы происходит именно по внешнему коду раздела, указанному на сайте,, несмотря на то, что в документации указано, что импорт в разделы идёт по ID раздела, которые в XML файле указываются как <Группы><Ид>_ИД_РАЗДЕЛА_</Ид></Группы>.
Проблема с ошибками импортрования была связана с тем, что у разделов, в которые не происходил импорт, на сайте не был указан внешний код (ID недостаточно), импорт в разделы происходит именно по внешнему коду раздела, указанному на сайте,, несмотря на то, что в документации указано, что импорт в разделы идёт по ID раздела, которые в XML файле указываются как <Группы><Ид>_ИД_РАЗДЕЛА_</Ид></Группы>.