И еще как вариант вариант - создать в файле импорта столбик "Символьный код" для каждого раздела, и при импорте указать как Группа уровня 1: Мнемонический код (B_IBLOCK_SECTION.CODE) для каждой группы. Если бириксс не может транслитерировать код из названия при добавлении раздела, по каким то причинам, то сделать это самому, и при импорте указать.