Как мне ответили в техподдержке, такой возможности нет. Т.е. все загружаемые файлы обязательно копируются в папку upload/iblock. Чтобы решить, придумал такой костыль. После загрузки на сайт, файлы из iblock вручную подменяются симлинками на файлы из оригинальной папки. Конечно неудобно, но список файлов пополняется не часто, так что пока сойдёт.