Если Вы оставили только один тип цен, каким образом Вы работаете с наценкой? Она будет применяться только к типу цен, отличному от базового. Каким компонентом Вы выводите информацию о товаре?
Не надо сверлить зубы через задний проход дрелью от Сваровски