Можно так попробовать:
$IBLOCK_ID =4;
CIBlockElement::SetPropertyValues($Product["ID"], $IBLOCK_ID, $PROP_VAL, $PROP_ID);
где :
$PROP_ID - идентификатор обновляемого свойства, например, 215
$PROP_VAL - массив значений, например array("0"=>"24") или array("0"=>"24", "1"=>"23")
$IBLOCK_ID =4;
CIBlockElement::SetPropertyValues($Product["ID"], $IBLOCK_ID, $PROP_VAL, $PROP_ID);
где :
$PROP_ID - идентификатор обновляемого свойства, например, 215
$PROP_VAL - массив значений, например array("0"=>"24") или array("0"=>"24", "1"=>"23")