$arFilter = array("PROPERTY_CML2_SCAN_CODE"=>"" ) - используется, чтобы выбрать все элементы;
$arFilter = array("!PROPERTY_CML2_SCAN_CODE"=>"" ) - используется, чтобы выбрать все элементы;
Вроде бы противоположные фильтры (во втором - '!'), а комментарии - одинаковые. Так и должно быть?