Может это возникает из за того что после настройки компонента новостей, в инфоблок добавляются два свойства. Одно из которых FORUM_MESSAGE_CNT с неуказаным дефолтным значением. Попробуйте поставить 0...
Меняется ли индекс сортировки при выгрузки из 1с? Спрашиваю, так как возможность проверить появится через 3 дня только, а поменять индексы нужно сегодня