CProjectTools класс стороннего разработчика, а не битрикса. Статический метод CalculateOrderDiscount() класса CProjectTools возвращает размер скидки По условию если возвращаемое им значение было меньше либо равно 0, или было равно "0%" это значение заменялось результатом работы статического метода GetUserMinimalDiscountForGroup Что-то больше сказать сложно так-как самописный класс CProjectTools есть только у вас.
Перейдите в раздел /catalog/ Откройте страницу /catalog/index.php в визуальном редакторе (Иконка "редактировать страницу" в публичной части сайта) Перетащите из панели компонентов на страницу еще один комплексный компонент Каталог, а текущий комплексный компонент Каталог отключите пока.
Если теперь ошибки не будет - скопируйте настройки ЧПУ из этого компонента в неисправный. Либо если вас все устраивает оставить все как есть, а первый компонент который отключили вообще удалите.
Если я правильно понял ваши слова "отображается одна структура" похоже что файл стилей CSS не грузиться вместе со страницей. Проверьте на вкладке Сеть в инструментах разработчика вашего браузера все ли файлы шаблона загружаются без ошибок.