А не подскажите что у вас за окружение?
Это VPS/VDS или обычный хостинг? настройки апача или nginx не ковыряли? Хотя я все еще уверен, что проблема где-то в сайте. Нет дополнительных событий никаких в ini.php для обработки 404? Засветите адрес проекта хотя бы, можно в личку, если по каким-либо причинам не хотите выкладывать его в паблик и куда надо клацнуть чтобы увидеть проблему.
Это VPS/VDS или обычный хостинг? настройки апача или nginx не ковыряли? Хотя я все еще уверен, что проблема где-то в сайте. Нет дополнительных событий никаких в ini.php для обработки 404? Засветите адрес проекта хотя бы, можно в личку, если по каким-либо причинам не хотите выкладывать его в паблик и куда надо клацнуть чтобы увидеть проблему.