Попробовал с экранированием - работает:
$aMenuLinks = Array(
...
Array(
"Комисия",
"http:\\адрес_какой_то\ " target=\"_blank",
Array(),
Array(),
""
),
...
)
$aMenuLinks = Array(
...
Array(
"Комисия",
"http:\\адрес_какой_то
Array(),
Array(),
""
),
...
)