На сегодняшний день $USER === null в агентах на кроне - это документированная особенность, и пишут следующее:
| Цитата |
|---|
Переменная USER в агентах отсутствует. Точнее она может быть создана на сервере хостинга, но нет никакой гарантии, что это будет объект класса CUser. При необходимости рекомендуется создавать в агенте объект $USER, что-то с ним сделать и уничтожить. Источник: |