Добрый день!
В принципе я бы держал в репозитории проекта файлы битрикс при условии корректном гитигноре. Когда много проектов + текучка людей + возобновление поддержки проектов после студентов + еще куча факторов большого количества проектов. Больше беспокоит работа с БД кроме миграции внятных штатных инструментов не нашел. Кто знает делитесь