В целом вопрос сводится к методике организации командной работы над проектом на битрикс. Конечно существуют системы контроля версий, и они помогут решить проблему слияния файлов, но проблему слияния базы они не решают в чистом виде. Да, можно придумать способы синхронизации базы, но я надеялся узнать кто какие методики успешно использует применительно именно к проектам на битрикс.