Разобрался, у меня в настройках инфоблока символьный код раздела стоял как обязательное свойство, а в CSV можно прописать только название и автоматом, к сожалению, оно не прописывается даже если указать чтобы символьный код транслетировался из названия. Убрав галочку "Обязательное свойство" разделы стали появляться, спасибо большое за помощь!