1С и Битрикс связывает каталоги по Идентификатору. На вкладке "выгрузка товаров" узла обмена в таблице каталогов 3 колонка - идентификатор каталога. Например: "53406fcb-812c-457b-af44-e084ec01ab57". Будет выгружать в ИБ "catalog-53406fcb-812c-457b-af44-e084ec01ab57".