В настройках битрикса: Администрирование->Магазин->Настройки->Интеграция с 1С параметр "Что делать с товарами, отсутствующими в файле импорта:" и параметр "Что делать с группами, отсутствующими в файле импорта:" выставил в значение "ничего". После этого всё отработало так как было надо.